Projet PROSPECTOM — Appel d’offre Mastodons du CNRS

L’analyse du protéome, ou protéomique, vise à séquencer, identifier et quantifier de manière systématique l’ensemble des protéines exprimées dans un système biologique (organite, cellule, tissu, etc.), afin d’appréhender son fonctionnement global. Pour se faire, il est nécessaire d’avoir recours aux développements les plus récents de la biologie des systèmes, de la spectrométrie, mais également de la bio-informatique, de l’apprentissage automatique et statistique, de l'analyse des grands réseaux et de la visualisation de données (Visual Analytics). 

L'émergence d'une telle communauté élargie, intrinsèquement pluridisciplinaire, ne peut aboutir que par la définition d’un vocabulaire commun, l’acceptation de la différence entre les enjeux propres à chacune des communautés, et la mise place d’un lien fort entre les données à analyser et les connaissances à en tirer, grâce à l’élaboration de modèles formels adaptés aux spécificités de la protéomique.

Les objectifs de cet projet initié en 2012 qui se déroule dans le cadre de l’appel MASTODONS « Grandes masses de données scientifiques » de la Mission Interdisciplinarité (MI) du CNRS, est donc d’initier l’animation de cette communauté scientifique française élargie autour des enjeux de la « computational proteomics », de discuter des verrous scientifiques et technologiques actuels en protéomique et d'amener des chercheurs issues de disciplines plus "informatiques" à s'intéresser activement à ces verrous qui sont sources de nouveaux problèmes difficiles (non-linéarité, grand volume, hétérogénéité, données temporelles, etc.).