Dates importantes
- L’atelier 2012 est maintenant terminé … Un grand merci à toutes et tous pour votre participation active qui a permis le succès de ces journées !
L’analyse du protéome, ou protéomique, vise à séquencer, identifier et quantifier de manière systématique l’ensemble des protéines exprimées dans un système biologique (organite, cellule, tissu, etc.), afin d’appréhender son fonctionnement global. Pour se faire, il est nécessaire d’avoir recours aux développements les plus récents de la biologie des systèmes, de la spectrométrie, mais également de la bio-informatique, de l’apprentissage automatique et statistique, de l'analyse des grands réseaux et de la visualisation de données (Visual Analytics).
L'émergence d'une telle communauté élargie, intrinsèquement pluridisciplinaire, ne peut aboutir que par la définition d’un vocabulaire commun, l’acceptation de la différence entre les enjeux propres à chacune des communautés, et la mise place d’un lien fort entre les données à analyser et les connaissances à en tirer, grâce à l’élaboration de modèles formels adaptés aux spécificités de la protéomique.
L’objectif de cet atelier qui se déroule dans le cadre de l’appel MASTODONS « Grandes masses de données scientifiques » de la Mission Interdisciplinarité (MI) du CNRS, est donc d’initier l’animation de cette communauté scientifique française élargie autour des enjeux de la « computational proteomics », de discuter des verrous scientifiques et technologiques actuels en protéomique et d'amener des chercheurs issues de disciplines plus "informatiques" à s'interesser activement à ces verrous qui sont sources de nouveaux problèmes difficiles (non-linéarité, grand volume, hétérogénéité, données temporelles, etc.). Cette émergence ne peut aboutir que par la définition d’un vocabulaire commun, l’acceptation de la différence entre les enjeux propres à chacune des communautés, et la mise place d’un lien fort entre les données à analyser et les connaissances à en tirer, grâce à l’élaboration de modèles formels adaptés aux spécificités de la protéomique. L'atelier Prospectom sera structuré autour des trois axes de recherche complémentaires suivants dans lesquels les participants peuvent soumettre des contributions :
- Axe 1 : Du spectre à la protéine : caractérisation des données et maîtrise des incertitudes
- Axe 2 : Analyse de grands réseaux biologiques et intégration des donnée et connaissances « omics »
- Axe 3 : Visualisation et navigation dans des masses de données dynamiques et multi-échelles
Au sein de chaque axe de recherche, des sessions de travail auront pour objectif de présenter les contributions acceptées mais surtout de faire un bilan des défis que doit relever la protéomique ces prochaines années et d'imaginer comment inciter les chercheurs appartenant aux disciplines mathématiques et informatiques (apprentissage automatique, traitement du signal, statistiques, visualisation, etc.) à se joindre à cet effort.