Ainsi qu'il a été précisé dans la description du contexte et des objectifs de ces journées, l'atelier PROSPECTOM est structuré autour de trois axes centraux pour la recherche en protéomique. Chaque axe comporte deux exposés, une conférence et un tutoriel qui se déroulent en session plénière ainsi que deux sessions de travail spécifiques à chaque axe (voir la liste des thèmes et la liste des 20 contributions acceptées) au cours desquelles seront présentées les contributions des participants.
Axe 1 : Du spectre à la protéine : caractérisation des données et maîtrise des incertitudes
Animateurs : Thomas Burger (CEA/iRTSV) et Sylvain Bouveret (LIG/STEAMER)
Axe 2 : Analyse de grands réseaux biologiques et intégration des connaissances « omics »
Animateurs : Gilles Bisson (LIG/AMA) et Yves Vandenbrouck (CEA/iRTSV)
Axe 3 : Visualisation et navigation dans des masses de données dynamiques et multi-échelles
Animateurs : Renaud Blanch (LIG/IIHM) et Christophe Bruley (CEA/iRTSV)
Ces sessions de travail visent également à discuter des verrous scientifiques et technologiques en protéomique, ainsi que des moyens d'élargir la communauté à des chercheurs d'autres disciplines. En fonction des axes, différentes pistes seront explorées telles : la mise à disposition de base de données, la constitution de nouveaux groupes de travail dans le cadre des GDR (notamment I3), l'organisation de "Challenges" dans les conférences d'apprentissage, d'analyse des réseaux et de visualisation, etc ... Au terme de ces deux journées les propositions produites seront synthétisées puis présentées lors de la journée « Mastodons » de la Mission Interdisciplinarité du CNRS qui se tiendra le mardi 5 décembre 2012.
Programme prévisionnelle des journées :
Jeudi 29 novembre 2012
- 9H30-10H30 : Accueil des participants + café/thé
- 10H30-11H00 : Ouverture des journées
- 11H00-12H30 : Tutoriel axe1 : Myriam Ferro (CEA/iRTSV)
"De la fiabilité des données d’identification et de quantification de protéines par spectrométrie de masse." - 12H30-13H30 : repas
- 13H30-14H30 : Conférence axe 3 : Benno Schwikowski (Institut Pasteur)
"Building a digital systems microscope." - 14H30-15H30 : Conférence axe2 : Romain Boulet (Université Lyon 3)
"Résultats de théorie des graphes sous-jacents à l’analyse de réseaux réels interdisciplinaires" - 15H30-16H00 : pause
- 16H00-18H30 : Sessions de travail en parallèle / Présentation des contributions et discussions
La liste des présentations dans chaque axe est donnée sur la page contributions- Axe 1-A : Approches statistiques (Salle Aquarium)
- Axe 2-A : Connaissances, interopérabilité et ontologies (Salle RDC, MJK)
- Axe 3-A : Visualisation (1) (Salle D102)
Vendredi 30 novembre 2012
- 8H30-10H00 : Tutoriel axe3 : Renaud Blanch (LIG/IIHM)
"La visualisation interactive d'information pour les biologistes" - 10H00-10h30 : pause
- 10H30-12H00 : Session de travail par axe / Présentation des contributions et discussions
La liste des présentations dans chaque axe est donnée sur la page contributions- Axe 1-B : Apprentissage et réseaux bayésiens (Salle Aquarium)
- Axe 2-B : Grand graphes et biologie des systèmes (Amphi MJK)
- Axe 3-B : Visualisation, établissement de benchmarks (2) (Salle D102)
- Axe 1-B : Apprentissage et réseaux bayésiens (Salle Aquarium)
- 12H00-13H00 : repas
- 13H00-14H00 : Conférence axe 1 : Dominique Tessier (INRA Angers-Nantes)
"L’identification de protéines séquencées en mode MS/MS : des difficultés encore non résolues." - 14H00-15H30 : Tutoriel axe 2 : Hidde De Jong (INRIA Grenoble)
"Integration of high-throughput datasets in microbiology through dynamical modeling of regulatory networks" - 15H30-16H00 : Synthèse et clôture des journées